En 1625, sous le règne de Louis XIII, l'église est en très mauvais état selon une inspection diocésaine demandée par le curé, Jean du Breil, qui, malgré une forte opposition des fidèles, décide de la reconstruire, ce qui est réalisé en 1646, Louis XIV étant un très jeune roi de France.
Selon le procès-verbal de la visite d'inspection du grand archidiacre de Nantes, le patrimoine de la paroisse du Bignon en 1683 est le suivant :
L'église est de nouveau remise en état en 1750, sous le règne de Louis XV. Le 18 mai 1794, un bataillon républicain, sur les ordres du général Crouzat, incendie l'église.
Il est à noter que le propriétaire terrien le plus important de 1201 à 1790 est l'abbaye de Villeneuve, alors située sur la paroisse du Bignon. L'abbaye de Geneston et le prieuré de Saint Philbert de Grandlieu possèdent également des biens dans la paroisse du Bignon.
Après la tourmente révolutionnaire, les réparations sont sommaires. Des travaux importants, s'étalant de 1814 à 1821, sont financés par la vente des landes de la Huctière.
Martine-Louise-Sophie, cloche de six cents kilos, est installée en 1821, puis une horloge est mise en place en 1823.
En 1835, un constat alarmant s'impose : l'église est trop petite ! L'agrandissement est voté mais… impossible : le préfet signale que l'emplacement du cimetière autour de l'église et surtout en centre bourg est contraire à la salubrité publique.
Le cimetière est déplacé sur un terrain cédé par la famille Clouet contre des messes chantées.
De 1840 à 1844, le chœur et deux petites sacristies sont refaits, deux bas-côtés sont ajoutés.
En 1895, l'énergique curé Baranger lance la construction d'une nouvelle église. La première pierre est posée le 8 juillet, elle est bénie le dimanche 11 juillet 1897. L'ancienne est démolie à partir du 16 août par Mathurin Gaudin, maître-maçon au Bignon. Le clocher est épargné, les fonds manquent pour en construire un neuf. Sa singularité est de se retrouver à quelques mètres de l'église. Il est abattu le 16 février 1967 et son successeur prend place, lié à l'église en 1968.